Zacharie 1ère étant mort, le pape Étienne II, son successeur, vint en 754 à Saint-Denys sacrer Pépin le Bref dans une seconde et plus grande église dont ce dernier avait entrepris la construction, qui fut achevée par son fils Charles, dit Charlemagne.
Ce sacre a une portée historique dépassant de beaucoup le cadre de notre pays.
Le pape Étienne II trouvait en Pépin le protecteur de l'Église que menaçaient les Lombards. Pépin descendit en Lombardie et, après la victoire, remis au Souverain Pontife les villes conquises. Ce fut l'origine du pouvoir temporel des Papes.
L'abbé Fulrad doit en être considéré comme le principal artisan.
Après le sacre de Pépin, la nouvelle cathédrale basilique était loin d'être achevée.
C'est seulement le 24 février 775, dans la 7ème année de son règne que l'empereur Charlemagne assista à la dédicace de l'abbatiale carolingienne.
Le rayonnement spirituel et artistique se répandait dans toute l’Europe et Charlemagne avait proclamé l'abbatiale « Chef et maîtresse des églises du royaume ».
Dom Doublet donne un texte très précieux de la « Charte de Charlemagne », car il est très caractéristique de la fusion de la fortune et de la gloire de Saint-Denys avec le personnage idéalisé de Charlemagne. « De dieu seul et de Toi (Saint-Denys), je tiens le royaume de France » dit le grand empereur qui fit solennellement l’abbé de Saint-Denys le premier des prélats de France.
Si Hugues Capet fut proclamé et sacré roi de France en 987 et triompha du dernier carolingien, Charles de Lorraine, ce fut, en grande partie, parce qu'il était abbé Laïque de Saint-Denys dont la puissance et le prestige rayonnaient sur toute l'Europe.
Les Français adoptèrent cri d'arme Montjoie Saint-Denys et le groupe gonfanon de l'abbaye devint l'ORIFLAMME, le symbole de l'unité de la France, levé solennellement dans la cathédrale - basilique royale en cas de péril extérieur. Il fut levé victorieusement en 1124 par Louis VI le Gros.